Regresan las aventuras de Alex el león, Marty la cebra, Melman la jirafa y Gloria el hipopótamo, acompañados del Rey Julien, Maurice y los pingüinos. Abandonados en las lejanas costas de Madagascar, los neoyorquinos, han creado un plan tan alocado que posiblemente funcionará. Con precisión militar, los pingüinos han “reparado”(más o menos) un antiguo avión averiado. Una vez en el aire, esta inverosímil tripulación se mantiene volando el tiempo justo para llegar al lugar más salvaje de todos – las inmensas llanuras de África – donde nuestra tripulación criada en los parques zoológicos se encuentra con otros animales de su propia especie por primera vez.

Mientras indagan en sus raíces, pronto se dan cuenta de las diferencias entre la selva de asfalto y el corazón de África. A pesar de los parientes desaparecidos, los rivales románticos y las maquinaciones de los cazadores, África parece un sitio estupendo…pero ¿es mejor que su hogar de Central Park?